2006年阶段对于梅西是非常重要的一年，在这一阶段梅西在绿茵场上已经崭露头角，阿根廷球队在参战世界杯时也将梅西作为首选球员。不过在赛事中的一些重要比赛里，梅西并没有获得太多的机会，当时的主教练佩克尔曼对此做出了这样的解释。

  在1/4决赛中，梅西没有上场，因为他当时在赛事中依然不是核心主导球员，在巴萨球队也只是以策应为主，世界杯赛事中更关注的要点是，一定要有球员能够带动场上的进攻节奏，很显然当时的梅西尽管个人能力成熟，但他不具备这样的号召力，所以在赛事中他只能够作为球队的基石，而不能够作为球队的核心主力去打一些比赛。而对战德国的这场比赛对于当时的阿根廷球队是非常重要的，在这场比赛之中需要有统领号召能力的球员和一些协同快攻节奏快的球员，所以在这场比赛中并没有安排梅西上场。

  这一届世界杯赛事中，梅西获得的机会不多，在小组赛第2轮比赛中拥有一次替补上场的机会，在小组第3轮赛事之中有一次首发的机会，对战西班牙球队时，作为替补上场一次，此后阶段对战德国球队时则一直没有获得上场机会。有很多球迷分析当时的梅西尽管在赛场上的号召力不高，但其个人的技能已经非常全面，如果能够获得更多上场的机会，阿根廷球队在场上的发挥必然更为强势。