2006年，梅西第一次代表阿根廷队出战世界杯，不过在阿根廷同德国队的1/4决赛中，梅西并没有获得出场机会。当时的阿根廷主帅佩克尔曼近日在接受采访时，对当时为何不使用梅西做出了解释。

　　佩克尔曼表示：“每个人都有权利去思考他们想要什么，但我们开启世界杯征程的时候，梅西在巴萨还不是主力，虽然他的一举一动都非常引人关注，但他当时并不是球队的基石球员，所以我是为了鼓励他，让他更加有耐心，以后不管是在俱乐部还是国家队都要有耐心。”

　　“我对他说：‘国家队有许多很强的球员，而且这支球队的主力框架已经构建完成，我们都要为了这届世界杯而努力。你的表现令人惊讶，我们很开心，你会做出自己的贡献，但是你看，其他的替补球员，同样给人留下了深刻的印象。你需要花时间继续学习，这对你的将来会非常有好处，在整届杯赛都占据一个主力位置，不是一件容易的事情。’事情就是这样，梅西本人对此也没什么意见。”

　　那届世界杯，梅西在小组赛第2轮对阵塞黑的比赛中替补出场完成首秀，并且打进一球，随后小组赛第3场对阵荷兰梅西首发，1/8决赛踢墨西哥，梅西替补出场。不过对阵德国，梅西却枯坐120分钟冷板凳，阿根廷最终也在点球大战中败下阵来。